Nuestra Institución fue creada el 22 de Marzo de 1958 por RM Nº 257-58-ED., siendo Presidente Constitucional de la República, Don Manuel Prado Ugarteche. En un principio se denominó Escuela Primaria Nº 585 y originalmente se ubicaba en donde actualmente se encuentra la I.E."Crl.Pedro Ruiz Gallo".

En un inicio se encontraba orientada a la educación de hijos de oficiales del Ejército, ampliándose luego para la Comunidad de Chorrillos según lo estableció la RM.Nº 0666-86-ED. (Convenio suscrito entre el Ministerio de Educación y el Ministerio de Guerra).

Este convenio fue ratificado el 16 de noviembre de 1998, esta vez entre el Ministerio de Defensa y el Ministerio de Educación, el cual tiene vigencia actual.

El terremoto de 1966, derrumbó gran parte del local original, por lo cual, el Ejercito cedió el terreno de nuestra ubicación actual, funcionando inicialmente bajo unas carpas y posteriormente con la construcción de dos pabellones, gracias a la gestión personal del, en aquel entonces, General de División Don Juan Velasco Alvarado. Se laboró en la nueva ubicación con un personal docente que apenas llegaba a una docena, bajo la Dirección del Prof. José Luis Cossío y la eficiente labor docente del destacadísimo profesional Dr. José Santos Saldaña Chávez.

En el año 1969 con la Reforma de la Educación se le cambió la nomenclatura a Colegio “Gral. Emilio Soyer Cabero” Nº 6005. El Nivel Secundaria empezó a funcionar en el año 1976, según Resolución Ministerial Nº 0912-76-ED., egresando la Primera Promoción en el año 1980, denominada "General EMILIO SOYER CABERO". En el año 2000, por disposición del Comando del Ejército, el nivel primario se independizó, creándose la Institución Educativa “Crl. José Joaquín Inclán”, siendo que nuestra I.E. brinda de manera única, el servicio de educación secundaria de menores.